Της Γ.Γ.Ο.Α. προΐσταται ο Γενικός Γραμματέας Ολυμπιακής Αξιοποίησης.

Το οργανωτικό της σχήμα απαρτίζεται από μία Γενική Διεύθυνση, της οποίας προΐσταται Γενικός Διευθυντής, στην οποία υπάγονται η Διεύθυνση Ολυμπισμού, η Διεύθυνση Τεχνικών Υπηρεσιών και η Διεύθυνση Οικονομικών και Διοικητικής Μέριμνας.